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Le mode de formation des spilites est longtemps resté une énigme pour les géologues. L'explication en a été trouvée en examinant les fumeurs noirs des rides sous-océaniques. L'idée de base est que les minéraux primaires qui constituent les basaltes, pyroxènes et feldspaths calciques, subissent lors de l'épanchement lavique sous-marin une altération par interaction avec l'eau salée. En particulier, les feldspaths plagioclases mentionnés, partie intégrante des basaltes, donnent lieu à un métamorphisme hydrothermal, qui les fait évoluer d'un contenu plutôt riche en calcium vers une teneur plutôt élevée en sodium (en provenance des ions sodium qui se trouvent en solution dans l'eau de mer). La solution solide continue fedspathique plagioclase se déplace ainsi du pôle calcique - l'anorthite - vers le pôle sodique - l'albite. Autrement dit, les ions sodium se substituent dans le feldspath aux ions calcium et le calcium ainsi libéré précipite sous forme de calcite, donnant naissance aux pustules blanches caractéristiques des spilites à Chamrousse, ces pustules blanchâtres ont pratiquement disparu, laissant la place à des vacuoles.

Bref, les spilites sont des basaltes qui ont connu une altération hydrothermale. La connotation est bien entendu la présence locale d'une mer.

D'autres explications ont été avancées (cf. J.L. Tane 1989, G.Buffet, 1989). Les pustules de calcite pourraient au départ, être des bulles de gaz se formant lors de la décompression qui accompagne la remontée du magma et se transformant en vacuoles lors de  l'épanchement lavique qui s'ensuit (à la manière de ce qui se passe pour la pierre ponce). Le remplissage calcitique de ces vacuoles proviendrait de carbonates présents dans le magma profond (spilites primaires, résultant d'une démixtion en phase liquide) ou bien de carbonates se trouvant dans les sédiments superficiels. Dans ce dernier cas, ce n'est qu'après la solidification totale de la lave et son recouvrement par les sédiments que les vacuoles auraient été colmatées par de la calcite (spilites secondaires).

L'interprétation est toujours ouverte.